使用挖泥船进行挖泥作业的时候，会有一些特殊环境。如水渠、苇塘、城市内河等，这些水域的淤积情况较为特殊复杂，淤泥里面含有大量的生活垃圾、树根、树枝、杂草等。这些杂物在经过吸泥管道进入吸泥泵的时候，会出现不同程度的堆积，将吸泥泵堵塞。影响效率，为了使挖泥船能更顺利的工作，所以对于特殊复杂环境就要采取以下方法。
1、吸泥罩隔离法；在吸泥泵的吸泥管口上安装一个罩体，这个罩体多是以钢网制成的，在不影响正常吸泥的情况下，可以有效避免垃圾、树枝等杂物进入吸泥泵内。当然这种方法在挖泥船长时间作业后，还要定期对吸泥罩上面的杂物进行清理，以防杂物堵塞泥罩孔，影响吸泥泵的淤泥吸入量。
2、将吸泥管的口径加大；大口径的吸泥管道能够大大降低堵塞的几率。当然大口径的管道还需要配套大功率的吸泥泵。
3、选用新型的吸泥泵；新型的吸泥泵除了功率大之外，还有一定的粉碎功能，能够把进入吸泥泵的杂物绞碎。这种吸泥泵堵塞的几率非常小，也是当前应用为广泛的一种。
